Après avoir évolué en ligue internationale de hockey pendant un an au sein des Rafales de Québec, les Canadiens l'ont embauché en 1998. Il a brièvement porté les couleurs des Predators de Nashville durant le début de la saison 2002-2003, mais les Canadiens l'ont réclamé au ballotage quelques jours plus tard.
Pendant la saison 2005, Bouillon est devenu un pilier de la défensive montréalaise et fut utilisé avec Mike Komisarek. Il s'est classé parmi les 20 meneurs de la LNH pour les mises en échecs. Francis a subi une entorse à une cheville le 18 mars 2006 contre les Penguins de Pittsburgh et a raté les autres parties de la saison 2005-2006. Durant l'été 2006, il a subi une opération à un genou et a raté 19 rencontres cette saison. En 17 parties jouées, il a 2 but et 1 passe.
Il a, en carrière, 12 buts... 61 passes et 73 points.
[[ Francis Bouillon est un joueur robuste. Il applique tjrs de solides mises en échec aux joueurs adverses. J`voudrais pas être à leur placee lol! C`est un défenseur offensif. Il se porte souvent en attaque. Justement il a compté son 2e but de la saison, hier soir, contre Buffalo. Francis est un gars vrmt sympathique! Je l`adoore. <33 ]]
